docs: profile scheme across guides, notes, and generated catalogs; Agent Note

Update every doc referencing base.cordis.yml/web.cordis.yml, --config, -p, or
$DSH_HOME/config.yaml to the profile vocabulary with bilingual counterparts
re-recorded; regenerate the catalogs and graphs; add the
profile-plugin-bundles Agent Note recording the design and its rejected
alternatives.

docs/user/guide/config.zh.md

@@ -8,8 +8,8 @@ Harness 使用 `cordis.yml` 描述 agent（智能体）加载哪些插件以及
 
 仓库中的示例就是可以运行的配置，也是新项目最可靠的起点：
 
-- [共享的 `dsh` base](../../../apps/cli/config/base.cordis.yml) 提供通用的模型、工具、持久化、策略与遥测配置项；原始 `dsh --config <path>` 要求传入一份 patch 列表，用于选择部署特定的 agent 和前端入口。
-- [Web overlay](../../../apps/cli/config/web.cordis.yml) 添加浏览器宿主、Workspace 管理、浏览器交互与客户端插件。
+- [`dsh-base` 组合包补丁](../../../packages/bundle/base/cordis.patch.yml) 提供通用的模型、工具、持久化、策略与遥测配置项，每个 profile 都以此为起点。
+- [`dsh-web-app` 组合包补丁](../../../packages/bundle/web-app/cordis.patch.yml) 添加浏览器宿主、Workspace 管理、浏览器交互与客户端插件。
 - [headless-agent](../../../examples/headless-agent/cordis.yml) 以单次任务形式暴露 coding 组装。
 - [acp-agent](../../../examples/acp-agent/cordis.yml) 向程序化 ACP（Agent Client Protocol）客户端提供全新会话。
 
@@ -49,9 +49,9 @@ Harness 使用 `cordis.yml` 描述 agent（智能体）加载哪些插件以及
 
 Cordis 会并发启动同级配置项。插件通过 `inject` 声明必需服务；Cordis 会等到这些服务就绪后再应用该插件，因此文件顺序不能保证依赖已就绪。引用不存在的模型、工具或插件会尽早报错，而不是被静默忽略。
 
-## CLI 覆盖层
+## CLI 补丁层
 
-原始 `dsh --config <path>` 要求传入一份 patch 列表，并将其直接应用在 `base.cordis.yml` 之上。它不会添加 surface overlay 或 `~/.dsh/config.yaml`，指定文件也不是完整替换树。`dsh web` 先组合 `base.cordis.yml` 与 `web.cordis.yml`，再应用 `~/.dsh/config.yaml`；`dsh web --config <path>` 会以指定 overlay 替代该个人层。Web profile 与 CLI（命令行界面）标志 patch 位于用户层之后。
+`dsh --profile <name>` 按该 profile 的 manifest（元数据清单）中 `dsh.plugins` 列表的顺序，在空根之上组合各组合包补丁层，随后依次应用该 profile 自己的 `~/.dsh/profiles/<name>/cordis.patch.yml`、每个 `--patch <path>` overlay，最后是 CLI（命令行界面）标志补丁。同一行以较后的层为准。
 
 补丁会替换目标行的整个 `config` 值，而不是深度合并各个键。例如，只用 `config: { thinking: disabled }` 修补 `llm-deepseek`，也会移除该行原有的 `apiKey` 与 `baseURL`；因此必须重新写出该行需要保留的全部键。